Chính trị và Công tác học sinh, sinh viên; Tổ chức cán bộ; Kế hoạch - Tài chính; Cơ sở vật chất; Khoa học, Công nghệ và Môi trường; Pháp chế; Văn phòng và Thanh tra.
- 4 Cục: Quản lý chất lượng; Nhà giáo và Cán bộ quản lý giáo dục; Công nghệ thông tin; Hợp tác quốc tế.
- 3 đơn vị sự nghiệp công lập, phục vụ chức năng quản lý nhà nước của Bộ gồm: Viện