NAFOSTED được hưởng phụ cấp kiêm nhiệm, thù lao và các quyền lợi khác theo quy định của Nhà nước.
Bên cạnh đó, theo khoản 2 Điều 10 Điều lệ tổ chức và hoạt động của Quỹ Phát triển khoa học và công nghệ Quốc gia ban hành kèm theo Nghị định 23/2014/NĐ-CP quy định Ban Kiểm soát Quỹ NAFOSTED có nhiệm vụ, quyền hạn sau đây:
- Kiểm tra và báo cáo Hội đồng